Anatomický ústav Masarykovy Univerzity v Brně byl založen v roce 1919. Prvním přednostou se stal prof. Otomar Völker. Po celou dobu existence byl ústav umístěn v ne zcela vyhovujících prostorách. V září roku 2001 byl otevřen nový, moderní ústav, který svou koncepcí a vybavením plně odpovídá požadavkům třetího tisíciletí. Nový Anatomický ústav byl první stavbou nově budovaného kampusu Masarykovy univerzity v městské části Bohunice.

V současné době disponuje Anatomický ústav třemi plně vybavenými pitevnami s nejmodernější audiovizuální technikou a pěti seminárními místnostmi. Nedílnou součást ústavu představuje Anatomické muzeum prof. Karla Žlábka.

Ústav aktuálně zajišťuje teoretickou i praktickou výuku anatomie pro české i zahraniční studenty programů Všeobecné lékařství, Zubní lékařství a Fyzioterapie a teoretickou výuku pro programy bakalářské.

Přednostou ústavu je od roku 2019 doc. MUDr. Marek Joukal, Ph.D.