Project information
Advanced sequencing methods for deciphering structural variants in cancer genome

Information

This project doesn't include Faculty of Medicine. It includes Central European Institute of Technology. Official project website can be found on muni.cz.

Project Identification

NU21-08-00237

Project Period

5/2021 - 12/2024

Investor / Pogramme / Project type

Ministry of Health of the CR

Ministry of Health Research Programme 2020 - 2026
Subprogram 1 - standard

MU Faculty or unit

Central European Institute of Technology

Mgr. Karla Plevová, Ph.D.

Cooperating Organization

University Hospital Brno-Bohunice

Moderní metody sekvenování DNA umožňují podrobné mapování nádorového genomu a identifikaci lézí, na něž je možné cílit protinádorovou léčbu. Sekvenování pomocí dlouhého čtení dovoluje charakterizovat přestavby genomu, které je obtížné přesně určit pomocí standardních metod nádorové cytogenetiky. Ve skupině pacientů s hematoonkologickými diagnózami chceme využít nové sekvenační metody pro zjištění organizace genomu a rekurentních přestaveb s cílem pochopit mechanismy vzniku aberací a určit jejich význam pro klinický průběh nemoci a odpověď na léčbu.

Sustainable Development Goals

Masaryk University is committed to the UN Sustainable Development Goals, which aim to improve the conditions and quality of life on our planet by 2030.

Publications

Total number of publications: 35

2023

A web-based bioinformatic tool LYNX for targeted LYmphoid NeXt- generation sequencing data analysis and visualization for hematooncology.

REIGL Tomáš PORC Jakub Paweł NAVRKALOVÁ Veronika HYNŠT Jakub PÁL Karol STRÁNSKÁ Kamila KOTAŠKOVÁ Jana POSPÍŠILOVÁ Šárka PLEVOVÁ Karla

Conference abstract

Year: 2023, type: Conference abstract
Application of long-read sequencing for detection of complex chromosomal rearrangements.

ADAMOVÁ Sabina STRÁNSKÁ Kamila SVATOŇ Jan BOHÚNOVÁ Michaela ONDROUŠKOVÁ Eva JAROŠOVÁ Marie ZÁVACKÁ Kristýna ČERNOVSKÁ Karolína KOTAŠKOVÁ Jana PLEVOVÁ Karla

Conference abstract

Year: 2023, type: Conference abstract
Application of long-read sequencing in chronic lymphocytic leukemia cases with complex karyotype.

ADAMOVÁ Sabina ONDROUŠKOVÁ Eva SVATOŇ Jan JAROŠOVÁ Marie BOHÚNOVÁ Michaela PÁL Karol ČERNOVSKÁ Karolína ZÁVACKÁ Kristýna PORC Jakub Paweł KOTAŠKOVÁ Jana PLEVOVÁ Karla STRÁNSKÁ Kamila

Conference abstract

Year: 2023, type: Conference abstract
CLLue: Searching for connections among clinical, biological, and molecular features in the dataset of leukemia patients.

REIGL Tomáš NAVRKALOVÁ Veronika PORC Jakub Paweł PÁL Karol STRÁNSKÁ Kamila POSPÍŠILOVÁ Šárka PLEVOVÁ Karla

Conference abstract

Year: 2023, type: Conference abstract
Clonal competition and disrupted molecular processes in chronic lymphocytic leukemia.

ZÁVACKÁ Kristýna TAUŠ Petr PÁL Karol PORC Jakub Paweł PAVLOVÁ Šárka MALČÍKOVÁ Jitka STRÁNSKÁ Kamila ŽENATOVÁ Marcela TICHÝ Boris BLAVET Nicolas PANOVSKÁ Anna DOUBEK Michael POSPÍŠILOVÁ Šárka PLEVOVÁ Karla

Conference abstract

Year: 2023, type: Conference abstract
Exploring patterns in clinical, biological, and molecular data of leukemia patients with CLLue.

REIGL Tomáš NAVRKALOVÁ Veronika PORC Jakub Paweł PÁL Karol STRÁNSKÁ Kamila POSPÍŠILOVÁ Šárka PLEVOVÁ Karla

Conference abstract

Year: 2023, type: Conference abstract
Chromatin conformation analysis reveals genome structural and functional complexity in chronic lymphocytic leukemia.

ČERNOVSKÁ Karolína PORC Jakub Paweł ZÁVACKÁ Kristýna ONDROUŠKOVÁ Eva JAROŠOVÁ Marie POSPÍŠILOVÁ Šárka PLEVOVÁ Karla

Conference abstract

Year: 2023, type: Conference abstract
Resolving chromatin organization in chronic lymphocytic leukemia.

ČERNOVSKÁ Karolína PORC Jakub Paweł ZÁVACKÁ Kristýna STRÁNSKÁ Kamila ADAMOVÁ Sabina ONDROUŠKOVÁ Eva JAROŠOVÁ Marie POSPÍŠILOVÁ Šárka PLEVOVÁ Karla

Conference abstract

Year: 2023, type: Conference abstract
Solving complex karyotypes in leukemia samples using long-read sequencing.

STRÁNSKÁ Kamila ADAMOVÁ Sabina BOHÚNOVÁ Michaela SVATOŇ Jan PÁL Karol ONDROUŠKOVÁ Eva JAROŠOVÁ Marie ZÁVACKÁ Kristýna ČERNOVSKÁ Karolína PORC Jakub Paweł PARDY Filip TICHÝ Boris POSPÍŠILOVÁ Šárka KOTAŠKOVÁ Jana PLEVOVÁ Karla

Conference abstract

Year: 2023, type: Conference abstract
Web-based bioinformatic tool LYNX: LYmphoid NeXt-generation sequencing data analysis and visualization in hematological malignancies.

PORC Jakub Paweł REIGL Tomáš NAVRKALOVÁ Veronika HYNŠT Jakub PÁL Karol STRÁNSKÁ Kamila KOTAŠKOVÁ Jana POSPÍŠILOVÁ Šárka

Conference abstract

Year: 2023, type: Conference abstract