Kompletní genomová sekvence Treponema pallidum subsp. pallidum kmene Mexico A
| Authors | |
|---|---|
| Year of publication | 2011 |
| Type | Conference abstract |
| Citation | |
| Description | Treponema pallidum ssp. pallidum je původcem syfilis. O mechanismech patogeneze a faktorech virulence treponem není mnoho známo. Světlo do této problematiky mohou vnést komparativní analýzy celogenomových sekvencí. První celogenomová sekvence byla sestavena v roce 1998 (kmen Nichols), následovaly sekvence kmenů SS14 a Chicago. Nyní přinášíme kompletní sekvenci kmene Mexico A. K sekvenaci genomu kmene Mexico A byla použita metoda Solexa (Illumina), která patří k sekvenačním technikám nové generace. Celkem 13 oblastí (paralogní geny, repetitivní oblasti) bylo sekvenováno klasickou dideoxyterminátorovou metodou. Všechny kontigy byly podle referenční sekvence kmene SS14 sestaveny do pilotní sekvence. Zůstaly mezery, pro které byly navrženy amplifikační primery. Pomocí těchto primerů byly oblasti mezer amplifikovány a sekvenovány dideoxyterminátorovou metodou. Genom kmene Mexico A má velikost 1 140 041 bp, jde o největší genom mezi treponemálními kmeny. Bylo predikováno celkem 1034 ORF s průměrnou délkou 1032 bp. Genomová sekvence kmene Mexico A byla porovnána s genomovými sekvencemi kmenů Nichols a SS14. Oproti kmeni Nichols bylo identifikováno 365 substitucí, z nichž 226 (61,9 %) mění aminokyselinovou sekvenci kódovaného proteinu, a 39 změn typu inzerce/delece, z nichž 12 (30,8 %) způsobuje posun čtecícho rámce. Nukleotidová sekvence je změněna u 148 genů. Oproti kmeni SS14 bylo identifikováno 82 substitucí, z nichž 61 (74,4 %) mění aminokyselinovou sekvenci kódovaného proteinu, a 20 změn typu inzerce/delece, z nichž 9 (45,0 %) způsobuje posun čtecího rámce. Nukleotidová sekvence je změněna u 46 genů. Většina velkých změn se nachází v genech pro hypotetické proteiny a v rodině genů kódujících proteiny Tpr, které jsou potenciálními faktory virulence. Počty změn v ostatních genech s předpovězenou funkcí jsou minimální. Délka a pořadí jednotlivých genů zůstává ve většině případů zachována, protože změny mají nejčastěji charakter jednonukleotidových záměn. |
| Related projects: |