Srovnání programů pro analýzu dat z metody vodík/deuteriové výměny ve spojení s hmotnostníspektrometrií: HDX Workbench vs. HDExaminer
| Authors | |
|---|---|
| Year of publication | 2015 |
| Type | Conference abstract |
| MU Faculty or unit | |
| Citation | |
| Description | Vodík deuteriová (H/D) výměna ve spojení s hmotnostní spektrometrií s vysokým rozlišením je jedinečnou metodou pro studium proteinových konformací, jejich dynamických změn a proteinproteinových interakcí. Analýza získaných hmotnostních spekter proteinů a peptidů, jejíž cílem je určení míry deuterace, bývá nejdelší a nejpracnější částí celého experimentu. Avšak vzhledem ke vzrůstající popularitě metody H/D výměny stoupá i počet dostupných nástrojů a programů pro zpracování dat, jejichž cílem je analýzu dat usnadnit. Tato práce byla zaměřena na porovnání dvou programů sloužících k analýze dat z H/D výměny získaných měřením pomocí hmotnostního spektrometru. Srovnávanými programy byly volně dostupný HDX workbench1 a komerční HDExaminer2. Oba programy byly použity na hodnocení dat ze stejného experimentu, ve kterém byl analyzován protein Human Ubiquitin-Conjugating Enzyme (2C4P_A) samostatně a po inkubaci s peptidem proteinu E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 (Q00987). Vzorky byly měřeny hmotnostním spektrometrem Orbitrap Elite (Thermo Fisher Scientific). Vstupními daty pro oba programy byla změřená LC-MS hmotnostní spektra, aminokyselinové sekvence analyzovaných proteinů a tabulky peptidů s retenčními časy a nábojovými stavy získanými z peptidového mapování (LC-MS/MS). Oba programy byly uživatelsky přívětivé a umožňovaly prohlížení hmotnostních spekter analyzovaných peptidů, posuzování jejich kvality a ověřování správnosti výpočtu procenta deuterace. Nejvýraznějším rozdílem mezi srovnávanými programy byla časová náročnost vyhodnocování experimentů. U HDX workbench byl celkový čas výpočtu několikanásobně delší než u HDExaminer. Navíc HDExaminer nabízí více možností pro export výsledných dat a to i do formátu vhodného pro další zpracování pomocí programu PyMOL. 1. Pascal, B. D. et al. HDX workbench: software for the analysis of H/D exchange MS data. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 23, 1512–21 (2012). 2. Hamuro, Y. et al. Rapid analysis of protein structure and dynamics by hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry. J. Biomol. Tech. 14, 171–182 (2003). |