Variabilita viru SARS-CoV-2 a sledování privátních mutací pomocí NGS

Title in English Variability SARS-CoV-2 and private mutation detection by NGS
Authors

DVOŘÁČKOVÁ Milada ZETTLOVÁ Kateřina ZÁMEČNÍKOVÁ Lenka DVOŘÁKOVÁ HEROLDOVÁ Monika VACEK Lukáš KLEKNEROVÁ Dominika VRBSKÝ Jan

Year of publication 2022
Type Appeared in Conference without Proceedings
Citation
Description Úvod V prosinci 2019 byl v čínském Wuhanu poprvé zaznamenán výskyt viru SARS-CoV-2 a již v březnu 2020 bylo rozšíření viru označeno Světovou zdravotnickou organizací jako pandemie. Virus se celosvětově rozšířil kvůli své vysoké infekčnosti a patogenitě. Postupem času se ukázalo, že má velkou schopnost mutovat a vytvářet různé klinicky a epidemiologicky významné varianty (VOC, Variants Of Concern). Cíl Cílem práce bylo ukázat variabilitu námi sekvenovaných kmenů SARS-CoV-2 a rovněž poukázat na vyvíjející se taxonomii a nomenklaturu viru. Dalším cílem bylo srovnání našich kmenů s kmeny zachycenými ve Velké Británii se zaměřením na privátní mutace viru. Metodika Kmeny byly izolovány pomocí izolačního kitu 96A Viral RNA Auto Extraction & Purification Kit (Ethanol-Free) (3DMed Diagnostics), sekvenační knihovna byla připravena pomocí kitů firmy Illumina. Sekvenování bylo provedeno v přístroji MiSeq (Illumina). Výsledky byly analyzovány za pomoci software pro detekci a sledování SARS-CoV-2 BaseSpace Sequence Hub, na platformě Illumina DRAGEN Bio-IT. Výsledky Od ledna 2022 dominovala varianta nazvaná Omicron. Zpočátku jsme detekovali její nejrozšířenější subvariantu BA.1 a její další linie. V reálném čase jsme zaznamenali rozšíření subvarianty BA.2 a jejích linií, která velmi rychle vytlačila subvariantu BA.1 a v současné době dominuje. V krátkém časovém úseku jsme zaznamenali vysoký počet změn virového genomu, včetně vzniku rekombinantní varianty. Závěr Konkrétně jsme se zaměřili na srovnání středoevropských mutací s mutacemi detekovanými ve Velké Británii, srovnali jsme stejné období a stejný počet vzorků, přičemž jsme zjišťovali výskyt unikátních mutací v naší populaci. Jako první v ČR jsme zachytili rekombinantní variantu BA.XJ jejíž nomenklatura se v mezinárodních databázích dynamicky mění.

You are running an old browser version. We recommend updating your browser to its latest version.

More info