Využití long-oligonucleotide arrayCGH v diagnostice leukémií
| Title in English | The use of long-oligonucleotide arrayCGH in leukemia diagnostics |
|---|---|
| Authors | |
| Year of publication | 2006 |
| Type | Article in Proceedings |
| Conference | XXX. Brněnské onkologické dny s XX. Konferencí pro sestry a laboranty |
| MU Faculty or unit | |
| Citation | |
| Field | Oncology and hematology |
| Keywords | B-CLL long-oligonucleotide arrayCGH |
| Description | Většina nádorů je provázena abnormalitami genomu nádorových buněk jako jsou delece a amplifikace úseků DNA, případně přestavby chromozomů. Některé z těchto změn jsou specifické pro určité typy nádorů a jsou jednou z příčin vzniku onemocnění, jiné vznikají sekundárně v důsledku neregulované proliferace buněk, u kterých selhaly opravné mechanismy. Znalost těchto aberací má velký význam pro určení prognózy i výběr terapeutického plánu a jejich detekce se proto stala nedílnou součástí diagnostických schémat onkologických onemocnění. CGH (komparativní genomová hybridizace) je založena na současné hybridizaci dvou fluorescenčně značených vzorků genomové DNA (referenčníhoa vyšetřovaného) na metafázní chromozomy. Delece či amplifikace se pak projeví jako snížení resp. zvýšení intenzity signálu vyšetřovaného vzorku v určité oblasti chromozomu. Kompletní znalost sekvence lidského genomu otevřela cestu novému přístupu arrayCGH (CGH čipy). U CGH čipů jsou jako sondy používány reprezentativní úseky chromozomů se známou pozicí imobilizované na pevném nosiči, stejně jako u expresích DNA čipů. Pro přípravu CGH čipů existuje více přístupů. Tyto se liší typem použitých sond: velké inzerty genomických klonů jako jsou bakteriální arteficiální chromozomy (BAC) nebo méně komplexní nukleové kyseliny, jako jsou cDNA, produkty PCR reakce a oligonukleotidy. Nejpespektivnější technikou jsou arrayCGH připravované in situ syntézou oligonukleotidů, které nabízejí současně vysoké rozlišení a flexibilitu. Návrh čipu lze přizpůsobit požadované aplikaci, pro screening lze použít sondy rovnoměrně pokrývající celý genom, pro konkrétní diagnostické nebo výzkumné potřeby lze zvýšit počet specifických oligonukleotidů pro určité úseky genomu a tím zvýšit rozlišení čipu pro požadovanou oblast. Pomocí CGH čipů jsme vyšetřili vzorky pacientů s chronickou lymfatickou leukémií (CLL), u kterých byla dříve provedena cytogenetická analýza. Aberace zjištěné v našem souboru pacientů zahrnovaly např. trizomii chromozomu 12, deleci 13q14 nebo 17p13.1 K vyšetření jsme použili HumanGenome CGH Microarray 44B obsahující asi 44.000 ologonukleotidů o délce 60 bazí navržených pro rovnoměrné pokrytí celého gešnomu. Průměrná vzdálenost mezi jednotlivými sondami v genomu je přibližně 35 kb. Většina sond je navržena do kódujících oblastí genomu, menší část hybridizuje s intergenovými úseky DNA. Sondy jsou syntetizovány in-situ na čipu metodou SurePrint technology, která využívá k depozici nukleotidů ink-jet metodu. Výsledky analýzy CGH čipů nejenže potvrdily cytogenetická data, ale zároveň odhalily další aberace genomu, např. delece 18q nebo delece chromozomu X u jednoho z pacientů. Dokázali jsme, že arrayCGH jsou vhodkým rozšířením současných cytogenetických postupů, především jako metoda screeningu genomových aberací s velmi dobrou dchopností jejich lokalizace. Lze očekávat, že CGH čipy najdou velmi rychle uplatnění nejen v lékařském výzkumu, ale i onkologické a prenatální diagnostice. |