Proteogenomová klasifikace trojitě negativních nádorů prsu ve vztahu k prognóze a cílené terapii

Informace

Projekt nespadá pod Lékařskou fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka projektu je na webu muni.cz.

Kód projektu
NU22-08-00230
Období řešení
5/2022 - 12/2025
Investor / Programový rámec / typ projektu
Ministerstvo zdravotnictví ČR
Fakulta / Pracoviště MU
Přírodovědecká fakulta
Další fakulta/pracoviště MU
Středoevropský technologický institut
Spolupracující organizace
Masarykův onkologický ústav Brno

Trojitě negativní nádory prsu (TNBC) představují z pohledu stávající klasifikace nádorů prsu (BC) na základě statusu hormonálních a Her2 receptorů homogenní skupinu primárně léčenou pomocí chemoterapie. Z hlediska klasifikace na základě profilů genové exprese se však jedná o molekulárně heterogenní subtyp, který lze dle různých studií rozdělit na více podtypů - nejčastěji jsou popisovány podtypy jako “basal-like“, “luminal androgen receptor“, “mesenchymal-like“ a “immunomodulatory“. Nejvyšší heterogenitu TNBC v rámci BC subtypů potvrzují i naše publikovaná pilotní proteomická data z 16 TNBC vzorků, detailní klasifikace na základě proteomových profilů (proteotypů) však nebyla dosud popsána. V rámci projektu máme připraven detailně charakterizovaný soubor 108 TNBC nádorů ve formě zmražené tkáně, dalších 146 tumorů je k dispozici ve formě parafinových bloků pro validaci. Pilotní proteomická data získaná metodou DIA-MS ukazují kvantifikovatelnost více než 7000 proteinů v každém vzorku, což představuje celosvětově nejvyšší pokrytí proteomu u BC studií. V rámci projektu bude soubor TNBC nádorů (i) klasifikován do podtypů na základě proteotypů, (ii) budou charakterizovány rozdíly v klasifikaci na základě transkriptomických (RNA-Seq) a proteomických profilů, přičemž budou identifikovány genové produkty specifické pro proteinovou úroveň, a (iii) bude analyzován vliv somatických mutací na hladiny klíčových proteinů identifikovaných v proteotypech. Cílem bude nalézt proteiny, molekulární dráhy a mutace, které jsou rozhodující pro zařazení TNBC nádorů do molekulárních podtypů na základě proteotypů, které souvisí s terapeutickou odpovědí, přežitím pacientů a které by mohly sloužit jako cíle stratifikované biologické léčby TNBC. Úloha klíčových proteinů bude funkčně studována na buněčných modelech. Na základě proteogenomické analýzy budou identifikovány pacientky vhodné pro specifické typy dostupné cílené léčby, u nichž lze v blízké
budoucnosti očekávat vstup do klinické praxe.

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info