Celogenomové sekvenování genomu humánně patogenní bakterie Borrelia miyamotoi z vajíček klíštěte obecného

Kód projektu
ROZV/23/LF11/2019
Období řešení
5/2019 - 12/2019
Investor / Programový rámec / typ projektu
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
Fakulta / Pracoviště MU
Lékařská fakulta

Cílem tohoto projektu bude získat DNA B. miyamotoi z vajíček klíštěte obecného a sekvenovat genom B. miyamotoi pomocí next generation sequencing (NGS). Samotná klíšťata nejsou pro získání celogenomové sekvence B. miyamotoi pomocí NGS vhodná, klíště má totiž bohatý mikrobiom. Vajíčka obsahují méně bakteriálních druhů a v časné rýhovací fázi obsahují méně klíštěcích buněk než klíště.
DNA z 200 vajíček od každé samice bude izolováno pomocí kitu QIAGEN Blood & Tissue kit. DNA B. miyamotoi bude detekována pomocí amplifikace genu glpQ
(kódujícího glycerofosfodiester fosfodiesterázu), který je přítomen pouze u borrelií návratných horeček, u lymeských borrelií se nevyskytuje. Přítomnost B. miyamotoi ve vzorcích bude potvrzena Sangerovým sekvenováním úseků glpQ. Očekávaná prevalence B. miamotoi je 1-2 %. Poměr borreliální a klíštěcí DNA ve vzorku bude ověřen pomocí nested PCR pro gen glpQ a mezerník ITS2 (klíště obecné). Maximálně dva vzorky budou sekvenovány pomocí NGS.
Sekvence budou porovnány s dosud publikovanými genomy B. miyamotoi pomocí bioinformatických nástrojů. Případné chybějící úseky budou doplněny navržením specifických primerů a následnou PCR. Pozorované rozdíly na úrovni DNA budou kvantifikovány a genom bude publikován v databázi National Center for Biotechnology Information.

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info