Role of S-turn2 in the Structure, Dynamics, and Function of Mitochondrial Ribosomal A-Site. A Bioinformatics and Molecular Dynamics Simulation Study

Varování

Publikace nespadá pod Lékařskou fakultu, ale pod Středoevropský technologický institut. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři

PANECKA Joanna HAVRILA Marek RÉBLOVÁ Kamila ŠPONER Jiří TRYLSKA Joanna

Rok publikování 2014
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj Journal of Physical Chemistry B
Fakulta / Pracoviště MU

Středoevropský technologický institut

Citace
www http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp5030685
Doi http://dx.doi.org/10.1021/jp5030685
Obor Fyzikální chemie a teoretická chemie
Klíčová slova NUCLEIC-ACIDS; DECODING SITE; CRYSTAL-STRUCTURE; ESCHERICHIA-COLI; RNA STRUCTURE; MINOR MOTIF; FORCE-FIELD; BASE-PAIRS; BINDING; SUBUNIT
Popis The mRNA decoding site (A-site) in the small ribosomal subunit controls fidelity of the translation process. Here, using molecular dynamics simulations and bioinformatic analyses, we investigated the structural dynamics of the human mitochondrial A-site (native and A1490G mutant) and compared it with the dynamics of the bacterial A-site. We detected and characterized a specific RNA backbone configuration, S-turn2, which occurs in the human mitochondrial but not in the bacterial A-site. Mitochondrial and bacterial A-sites show different propensities to form S-turn2 that may be caused by different base-pairing patterns of the flanking nucleotides. Also, the S-tum2 structural stability observed in the simulations supports higher accuracy and lower speed of mRNA decoding in mitochondria in comparison with bacteria. In the mitochondrial A-site, we observed collective movement of stacked nucleotides A1408 center dot C1409 center dot C1410, which may explain the known differences in aminoglycoside antibiotic binding affinities toward the studied A-site variants.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info