Dependence of A-RNA simulations on the choice of the force field and salt strength

Varování

Publikace nespadá pod Lékařskou fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Název česky Závislost simulací A-RNA na volbě silového pole a iontové síly.
Autoři

BEŠŠEOVÁ Ivana OTYEPKA Michal RÉBLOVÁ Kamila ŠPONER Jiří

Rok publikování 2009
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj Physical Chemistry Chemical Physics
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
Obor Biofyzika
Klíčová slova molecular dynamics methods; RNA; force field; A-form
Popis Provedli jsem extenzivní molekulově dynamickou studii třech A-RNA duplexů. Testovali jsme závislost geometrie A-RNA na silovém poli (Parm99 a Parmbsc0) a na velikosti iontové síly. Silové pole parmbsc0 zabraňuje dočasným alfa/gama t/t přechodům, čímž zkompaktňuje A-RNA duplex ve srovnání se silovým polem parm99. Stabilizace A-RNA ve srovnání s parmbsc0 zahrnuje viditelnou redukci šířky velkého žlábku, zvýšení parametru roll, zvětšení helikální inklinace a malé zvýšení twistu. Silové pole parmbsc0 tak posouvá simulované duplexy více do A-formy.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info