Třetím krokem při hodnocení časopisu je i pokusit se získat informace o fungování časopisu. V případě časopisů praktikujících open peer review je třeba seznámit se s recenzními posudky a komunikaci autora s recenzenty a editorem, protože sdělují nejvíce o průběhu recenzního řízení a editorových důvodech pro přijetí článku.
Protože ale open peer review je v časopisech zavedeno jen ojediněle, v rámci třetího kroku jsme odkázání na informace o časopise ze sekundárních zdrojů. Takovým může být některá z platforem jako ResearchGate, Academia.edu, Retractionwatch.com či Retractiondatabase.org, kde vědci sdílejí své zkušenosti s publikováním. Samozřejmě je nezbytné kriticky posuzovat zjištění z těchto platforem. Kupříkladu kvůli jednomu článku se zfalšovanými nebo jinak zmanipulovanými daty nelze automaticky vyvozovat, že časopis jako celek či jeho vydavatel jsou pochybní. Naopak je třeba zjištění prověřit, např. jestli redakce časopisu dodatečně článek stáhla (retracted). Nebo při používání platforem typu ResearchGate je třeba si všímat, zdali diskutující dokladují svá tvrzení.
O fungování časopisů může něco napovědět i jeho indexace v databázích Journal Citation Reports (JCR) a Scopus, které v případě nedodržování jejich evaluačních kritérií či nestandardního citačního chování časopis vyřadí z rozhraní dostupného uživatelům. Uživatel by se proto při zjištění přerušení či ukončení indexace časopisu měl zajímat o možné příčiny. Ty alespoň stručně jsou sděleny pro JCR v seznamu vyřazených časopisů a pro Scopus v přehledu ukončených periodik. A v případě potřeby lze se pokusit o rekonstrukci jejich evaluačního postupu. Při kontrole časopisu indexovaného v JCR je třeba zaměřit se na případné nestandardní citační chování časopisu (výrazný nárůst či pokles citací, sebecitací a článků, převaha citovanosti z úzkého okruhu časopisů) a plnění 28 kritérií JCR. U časopisu indexovaném ve Scopusu se v rámci oboru časopisu kontrolují údaje o počtu sebecitací (self-citation rate), celkovém počtu citací (total citation rate), citační metrice CiteScore, počtu časopiseckých článků (number of articles), počet kliknutí na plný text (number of full-text clicks) a využití abstraktu (abstract usage).
Například v seznamu časopisů vyřazených z JCR v roce 2019 figuruje titul International Journal of Civil Engineering. Poznámka Self indikuje ovlivnění výše impakt faktoru vysokým počtem sebecitací.
Totiž podíváme-li se na konkrétní data o časopise v JCR, zjistíme, že zatímco hodnota impakt faktoru se pohybuje mezi 0,372 až 0,695 (průměr 0,497), tak hodnota impakt faktoru bez sebecitací osciluje mezi 0,150 až 0,382 (průměr 0,254). S ohledem na způsob výpočtu impakt faktoru to znamená, že cca polovina citací na články vydané v časopise International Journal of Civil Engineering byly autocitace. Pro správce JCR byl tento vyšší počet autocitací již významným ovlivňovatelem výše impakt faktoru a časopisy proto vyřadili z indexace.
Naproti tomu Scopus u kritéria Number of articles kontroluje, jestli časopis ve srovnání s ostatními časopisy v rámcí téhož oboru vydal poloviční či menší počet článků, aniž by zdůvodnil proč právě polovinu a ne jiný počet. Kritérium navíc ignoruje různou produkci článků kvůli různé periodicitě časopisu.