Mgr. Matěj Bezdíček, Ph.D.

2026

• Basecalling-free resistance gene identification using a hybrid transformer in raw nanopore signals

  JAKUBICEK Roman VOROCHTA Jevhenij JAKUBICKOVA Marketa BEZDÍČEK Matěj LENGEROVÁ Martina VITKOVA Helena

  Peer-reviewed scientific article

  Frontiers in Microbiology, year: 2026, volume: 17, edition: February 2026, DOI

• Emergence and genomic characterization of hypervirulent ST23/K1 Klebsiella pneumoniae: local epidemiology and global context

  BEZDÍČEK Matěj JAKUBÍČKOVÁ Markéta BITUŠÍKOVÁ Viktória HOLUBOVÁ Ema VITKOVA Helena KOCMANOVÁ Iva VÍTKOVÁ Ivana ZDRAŽILOVÁ DUBSKÁ Lenka LENGEROVÁ Martina

  Peer-reviewed scientific article

  Frontiers in Microbiology, year: 2026, volume: 17, edition: February 2026, DOI

• From stability to plasticity: temporal shift in clonal lineages and plasmid dynamics of linezolid-resistant Enterococcus faecium

  HOLUBOVÁ Ema JAKUBÍČKOVÁ Markéta BEZDÍČEK Matěj BITUŠÍKOVÁ Viktória VÍTKOVÁ Helena KOCMANOVÁ Iva VÍTKOVÁ Ivana KUBÁČKOVÁ Petra KABUT Tomáš WEINBERGEROVÁ Barbora ZDRAŽILOVÁ DUBSKÁ Lenka LENGEROVÁ Martina

  Conference abstract

  Year: 2026, type: Conference abstract

• Kineochelins-A New Group of Siderophores From an Antarctic Bacterium

  BEZDÍČEK KRÁLOVÁ Stanislava ŠPAČEK Peter GAFRILLER Johannes BEZDÍČEK Matěj MEDVEDCOVA Viktoria SENECA Joana OSVATIC Jay GRIENKE Ulrike RATTEI Thomas SEKUROVA Olga N ZOTCHEV Sergey B ZEHL Martin LOY Alexander

  Peer-reviewed scientific article

  Microbial Biotechnology, year: 2026, volume: 19, edition: 6, DOI

• Plazmidový repertoár outbreak linií linezolid-rezistentního Enterococcus faecium.

  HOLUBOVÁ Ema JAKUBÍČKOVÁ Markéta BEZDÍČEK Matěj BITUŠÍKOVÁ Viktória VÍTKOVÁ Helena KOCMANOVÁ Iva VÍTKOVÁ Ivana KUBÁČKOVÁ Petra KABUT Tomáš WEINBERGEROVÁ Barbora ZDRAŽILOVÁ DUBSKÁ Lenka LENGEROVÁ Martina

  Conference abstract

  Year: 2026, type: Conference abstract, DOI

2025

• Celogenomové sekvenování linezolid-rezistentního Enterococcus faecium: mechanismy rezistence a ohniska

  HOLUBOVÁ Ema BEZDÍČEK Matěj JAKUBÍČKOVÁ Markéta KOCMANOVÁ Iva KUBÁČKOVÁ Petra HODOVÁ Silvie LENGEROVÁ Martina

  Conference abstract

  Year: 2025, type: Conference abstract

• Developing molecular surveillance of SARS-CoV-2 in the Czech Republic (2021-2022)

  SURI Timotej PFEIFEROVA Lucie BEZDÍČEK Matěj SVATOŇ Jan HAMPL Vladimir BERKA Karel JIRINCOVA Helena LENGEROVÁ Martina KOLISKO Martin NAGY Alexander TACHEZY Ruth KOLAR Michal PACES Jan

  Peer-reviewed scientific article

  Scientific Reports, year: 2025, volume: 15, edition: 1, DOI

• Developing molecular surveillance of SARS-CoV-2 in the Czech Republic (2021–2022)

  ŠÚRI Timotej PFEIFEROVÁ Lucie BEZDÍČEK Matěj SVATOŇ Jan HAMPL Vladimír BERKA Karel JIŘINCOVÁ Helena LENGEROVÁ Martina KOLÍSKO Martin NAGY Alexander TACHEZY Ruth ZMUDA Martin ZAJÍC Tomáš YUSHKEVICH Artsemi WISNIEWSKA Monika VRBSKÝ Jan VOSTŘÁK David VEČEŘOVÁ Jaromíra TREITLI Sebastian Cristian TRACHTOVÁ Karolína TOMKOVÁ Markéta TICHÝ Boris TICE Alexander STRÁNECKÝ Viktor ŠTILLEROVÁ Kateřina SOBOTÍKOVÁ Klára SLAVKOVSKÝ Rastislav ŠIŠKA Branislav ŠÍMA Radek SILBERMAN Jeffrey SALOMAKI Eric ŠÁCHOVÁ Jana RUDA Miroslav POSPÍŠEK Martin POLÁKOVÁ Ingrid PASZEKOVÁ Helena PASULKA Josef ORLÍKOVÁ Hana OBR Adam NUNVÁŘ Jaroslav NOVOTNÝ Marian NIKLOVA Eva NENAROKOV Serafim MRÁZEK Jakub MORAVČÍK Ondřej MEDOVÁ Hana MATYSKA Luděk MATĚJOVÁ Kateřina MALÝ Marek MACKOVÁ Barbora MACHÁŇ Jan LIPTÁKOVÁ Monika LEXA Matej KYNČL Jan KUČEROVÁ Jana Fialová KUBOVČIAK Jan KRACÍK Martin KOZÁKOVÁ Jana KOCOURKOVÁ Šárka KLIMEŠ Daniel JEŽO Eduard JAROMĚŘSKÁ Michaela JANČÁŘOVÁ Magdalena HRDÁ Štěpánka HRADILOVÁ Miluše HORNA Patrik HOLUB Petr HEJRET Václav HAMPLOVÁ Blanka HAJDÚCH Marián GONZÁLEZ Alejandro Jiménez GANČARČÍKOVÁ Markéta FÜSSY Zoltán FURMAN Viktor FRANKO Filip FIALOVÁ Alena EHLER Edvard DŘEVÍNEK Pavel DOLINOVÁ Iva CHUDĚJOVÁ Kateřina ČERNÝ Jiří ČECHOVÁ Monika ČECH Martin BYSTRÝ Vojtěch BROŽ Petr BARTOŠ Jan KOLÁŘ Michal PAČES Jan

  Peer-reviewed scientific article

  Scientific Reports, year: 2025, volume: 15, edition: 1, DOI

• MethylomeMiner: A novel tool for high-resolution analysis of bacterial methylation patterns from nanopore sequencing

  JAKUBÍČKOVÁ Markéta SABATOVA Katerina ZBUDILOVA Michaela BEZDÍČEK Matěj LENGEROVÁ Martina VITKOVA Helena

  Peer-reviewed scientific article

  Computational and Structural Biotechnology Journal, year: 2025, volume: 27, edition: 2025, DOI

• Pigment Formation by Monascus pilosus DBM 4361 in Submerged Liquid Culture

  HUSAKOVA Marketa BEZDÍČEK Matěj BRANSKA Barbora SEDLAR Karel PATAKOVA Petra

  Peer-reviewed scientific article

  Journal of Agricultural and Food Chemistry, year: 2025, volume: 73, edition: 42, DOI