Výzkum evolučně-ekologických systémů a vzájemné interakce jsou hlavním tématem doktorských prací na Ústavu botaniky a zoologie. Navrhovaného projektu se zúčastní 13 akademických pracovníků (školitelů doktorských prací) a 25 studentů doktorského studijního programu Zoologie, Botanika a Ekologie. Mezioborovost témat řešených doktorskými studenty spočívá především ve studiu ekologických vazeb, kdy se opírá o propojení klasického biodiverzitně funkčního výzkumu společenstev rostlin a živočichů, makroekologického a geneticko – fylogenetického výzkumu a behaviorálního výzkumu. Výstupy projektu dlouhodobě přispívají k pochopení obecných biologických mechanismů platných pro biotu celkově, v široce zobecnitelném kontextu. Interdisciplinární přístup umožňuje propojení tradičních a moderních výzkumných přístupů pomocí pokrokových technologií.
K hlavním tématům, které jsou detailně studovány jednotlivými pracovními skupinami patří: 1) role selekce a geografických bariér v adaptivní radiaci, 2) fylogeografické a evoluční historie obojživelníků, 3) evoluční ekologie parazitů u živočichů a poloparazitů rostlin, 4) mechanismy koexistence druhů v ekosystémech a jejich schopnost adaptace, resistence a resilience v době globálních environmentálních změn, 5) změny diverzity ekosystémů na základě opakovaných vegetačních zápisů, 6) studium významných komplexních faktorů prostředí a jejich vliv na fylogenetickou a funkční diverzitu společenstev, 7) studium vztahů v terestrických ekosystémech na krajinné i globální (makroekologické) úrovni na modelových skupinách zastupujících různé trofické úrovně (hlodavci, houby, terestrické řasy, měkkýši) a 8) studium antropogenních hrozeb pro vybrané obratlovčí modely. Uvedená výzkumná témata jsou založena na diverzifikovaných metodických přístupech a některá mají z nich charakterizují i aplikované přesahy. Ty spočívají například ve studiu dynamiky areálů rozšíření bioindikačních druhů v souvislosti s managementem ohrožených biotopů, antropizací krajiny nebo souvisí s hospodářsky významnými škůdci nebo člověku nebezpečnými parazity.
Výsledky projektu mají charakter základního výzkumu a spočívají v publikacích a prezentacích na mezinárodních konferencích.