Analýza dynamiky oligomerizace proteinu Reptin metodou vodík/deuteriové výměny ve spojení s hmotnostní spektrometrií
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2015 |
| Druh | Konferenční abstrakty |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Popis | Východiska: Protein Reptin se nedávno dostal do popředí vědeckého zájmu v oblasti onkologie, jelikož jeho zvýšená exprese byla identifikována v buňkách hepatocelulárního karcinomu, kolorektálního karcinomu, karcinomu ledvin a plic. Je zapojený v proteinových komplexech důležitých pro řadu buněčných dějů, mezi které patři remodelace chromatinu, regulace transkripce, detekce a oprava poškozené DNA a stabilizace telomer. Ve zmíněných komplexech se nachází Reptin zejména v hexamerické formě a jeho aktivita je závislá na vazbě a hydrolýze ATP a také na interakci se signálními proteiny. V současnosti byla prokázána jeho interakce i s tumor supresorovým proteinem p53. Pro studium možných protein-proteinových interakcí byl navržen nízkomolekulární ligand Liddean interagující s ATP vazebnou kapsou na povrchu Reptinu, který má za cíl stabilizovat konečnou homohexamerickou formu. Získání stabilního hexameru přispěje k objasnění struktury výsledného komplexu a k odhalení nových specifických motivů nacházejících se na povrchu komplexu, díky kterým bude možné určit nové interakční partnery a pochopit roli Reptinu v onkogenezi. Materiál a metody: Vliv Liddeanu na oligomerizaci rekombinantního proteinu Reptin byl měřen metodou vodík/deuteriové výměny ve spojení s hmotnostní spektrometrií. Tato metoda umožňuje analyzovat dynamické změny ve struktuře proteinu a také protein-proteinové interakce. Výsledky: Ve výsledných hmotnostních spektrech byly identifikovány dva různé stavy proteinu lišící se mírou inkorporace deuterií. Stav s nižší deuterací, který je typický pro více kondenzované proteiny, byl přiřazen oligomerické formě a stav s vyšší deuterací, typický pro více rozbalené protein, byl přiřazen formě monomerické. V analyzovaných vzorcích Reptinu s navrženým ligandem Liddeanem byl poměr oligomerické formy zvýšen ve srovnání s formou monomerickou. Závěr: Naše výsledky ukazují, že přítomnost Liddeanu měla vliv na stabilizaci homooligomerické formy Reptinu. |