Identifikace nových prognostických subtypů chronické lymfocytární leukemie použitím dráhového mutačního skóre a strojového učení
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2019 |
| Druh | Konferenční abstrakty |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Popis | Chronická lymfocytární leukemie (CLL) je nejběžnější leukemie dospělých s různorodým klinickým průběhem, což do značné míry souvisí s její výraznou genetickou heterogenitou. Doposud bylo u CLL identifikováno pouze několik rekurentně mutovaných genů s klinickým významem; četné mutace v množství dalších genů jsou obvykle považovány za doprovodné a jejich klinický význam zůstává nejasný. Cílem této studie bylo popsat efekt těchto domněle doprovodných mutací pomocí dráhového mutačního skóre a metod strojového učení. Materiál a metody: Z veřejně dostupné databáze jsme získali data od 316 CLL pacientů se somatickými hypermutacemi v těžkém řetězci imunoglobulinů (IGHV). U této skupiny jsme shromáždili 4 739 genů zasažených nesynonymní bodovou mutací a/nebo mutací způsobující posun čtecího rámce. Následně jsme určili biologické dráhy obsahující zasažené geny a na základě rozsahu poškození v dráze jsme vypočítali dráhové mutační skóre pro každého pacienta. Poté jsme využili strojového učení pro identifikaci podskupin pacientů s odlišným časem do léčby (TTT) a vytvořili jsme klasifikační model pro zařazení pacientů do těchto podskupin. Výsledky: Identifikovali jsme pět podskupin lišících se v TTT (p < 0,0001). Čtyři z nich byly charakterizovány odlišnými zasaženými biologickými procesy – buněčná adheze, signalizace regulovaná vápenatými ionty, organizace synapse a transport ABC proteiny. V poslední podskupině nebyly identifikovány charakteristické rekurentně zasažené dráhy. Následně jsme vytvořili klasifikační model, který byl schopen určit nalezené podskupiny na základě dráhového mutačního skóre s přesností 0,77 plochy pod ROC křivkou (AUC). Tento model jsme použili k evaluaci našich výsledků na nezávislém datasetu 187 pacientů se somatickými hypermutacemi v IGHV, ve kterém jsme identifikovali podobnou distribuci podskupin založených na námi navrženém mutačním skóre. Závěr: V souboru CLL pacientů se somatickými hypermutacemi IGHV jsme identifikovali prognostické podskupiny na základě dráhového mutačního skóre. Věříme, že tyto výsledky pomohou zpřesnit diagnostiku pacientů s CLL. V budoucnu se chystáme navržený postup aplikovat na náš vlastní soubor dat z celoexomového sekvenování u CLL pacientů a zkoumat vliv doprovodných mutací na klonální evoluci CLL. |
| Související projekty: |