Projekt je zaměřen na detekci původců nozokomiálních infekcí, a to včetně za nízce patogenních agens, jako jsou koagulázanegativní stafylokoky a Cutibacterium acnes. Dále zahrnuje i další patogeny, jako jsou kvasinky rodu Candida, enterobakterie a další. Významnou částí projektu je hledání nových preventivních a terapeutických přístupů u těchto infekcí, včetně využití bakteriofágů a nových antimikrobiálních látek, zejm. antimikrobiálních peptidů. Projekt též komplexně řeší problematiku jejich diagnostiky s důrazem na optimalizaci diagnostických schémat i návrh a ověřování nových identifikačních a typizačních metod, a to včetně molekulárně-biologických postupů a metod založených na kapilární elektroforéze, Ramanově spektrometrii i hmotnostní spektrometrii. Zásadní pro správnou diagnostiku je též odlišení etiologických agens od možných kontaminant. Pro tento účel bude posuzována úloha jednotlivých původců na patogenezi onemocnění sledováním klinicko-epidemiologických souvislostí a průkazem faktorů virulence, včetně sledování schopnosti tvořit biofilm.